遗传图（Genetic Map）：通过遗传学方法，称为连锁图谱(Linkage Map)。以遗传图距（cM）为单位绘制的染色体上基因或标记之间相对位置的连锁图。 物理图（Physical Map）：通过DNA克隆，细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图，有确定的物理距离，如碱基对数目。

目前大多是三代遗传图谱，基于SNP来做。 部分课题组可能还在做SSR的二代图谱。

作图软件

• JoinMap(收费)
• MapQTL (收费)
• Mapcharter 使用教程 https://avikarn.com/2019-05-19-mapchart/ 下载https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm
• qtl2 R包
• highmap BMK的在线软件 http://highmap.biomarker.com.cn/

多倍体遗传作图

• polymapR https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/20/3496/4990829?login=true