VCF文件的可视化：VariantQC

类似于FastQC，VariantQC同样是产出html界面。 VariantQC是基于GATK4开发的DISCVRSeq的其中一个java包。 VariantQC的教程 VariantQC文档 从github下载最新版本的DISCVRSeq github地址

##需要构建索引文件（gatk4流程已经构建的好相关的索引文件）
mv DISCVRSeq*.jar DISCVRSeq.jar
java -jar DISCVRSeq.jar VariantQC -O output_file.html -R ref.fa -V variant.vcf

当你的物种的基因组有许多重叠群（contig）时，上述命令可能会报错，需要增加参数，增大重叠群的数量（默认值时40）。 如果你的重叠群比较多，增大maxContigs的值。输入文件支持vcf/vcf.gz

java -jar DISCVRSeq.jar VariantQC -O van1.html -R genome.fa --maxContigs 500 -V van1.vcf

VariantQC的输出结果如下图所示，可以自己点击左侧菜单栏，看相关的信息。动态的html页面。