annovar用来注释自己的物种的变异信息。 转载自：https://www.jianshu.com/p/0a334228377c 1.软件安装 annovar下载安装 gtfToGenePred下载，添加到环境变量 gff3或者gtf转为GenePred,gtf使用gtfToGenePred,gff3使用gff3ToGenePred

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gtfToGenePred
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gff3ToGenePred

利用gtfToGenePred对GTF文件进行操作(输入zm442.gtf,输出zm442.txt)

gtfToGenePred -genePredExt zm442.gtf genome_refGene.txt