0.关于snpEff，建议大家去官网看一下作者。逝者已去，深切缅怀。同时看下官方文档
~官方文档有几处语言或者程序命令错误~
1. 教程地址
下载snpEff地址
解压unzip snpEff_latest_core.zip
我的路径是/home/chaim/bsa/snpEff/
2. 配置玉米zm437版本的数据库
在路径/home/chaim/bsa/snpEff/snpEff/目录下创建文件夹data,
cd /home/chaim/bsa/snpEff/snpEff/
mkdir data
cd data
mkdir genomes
mkdir zm437
#在zm437目录存放基因组注释文件genes.gff, 蛋白库，protein.fa
#在genomes目录放置基因组参考序列 zm437.fa
注意上述的基因组注释文件是gff3格式。 修改snpEff.config的参数 添加如下内容
#maize genome,version zm437
zm437.genome:maize
回到snpEFF目录，运行命令
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v zm437
3. 对vcf格式文件进行注释：
bwa目录存放着GATK4处理之后的文件common_filtration.vcf
在/home/chaim/bsa/bwa目录执行下面命令
java -Xmx8g -jar /home/chaim/bsa/snpEff/
snpEff/snpEff.jar zm437 common_filtration.vcf > common.eff
会输出三个文件， snpEff_genes.txt snpEff_summary.html common.eff.vcf
如果不是在安装目录运行snpEff，需要加上-c参数。 参数说明： -c 安装snpEff的目录config文件的位置 -verbose 详细模式，方便查看出错信息 zm442 我自己生成的基因组注释信息 命令如下：
java -Xmx8g -jar /public/home/soft/snpEff/snpEff/snpEff.jar -c /public/home/soft/snpEff/snpEff/snpEff.config zm442 F8.Filter.vcf -verbose -stats F8.summary.html -csvStats F8.csv >F8.ann.vcf
- 如果想更改使用其他注释文件，
删除
/home/chaim/bsa/snpEff/snpEff//data/zm437/snpEffectPredictor.bin该文件删除即可。 重新从步骤1开始即可。 5.产出结果分析
#默认是ann
java -Xmx8g -jar /home/chaim/bsa/snpEff/
snpEff/snpEff.jar ann zm442 common_filtration.vcf > common.eff
*.ann.vcf 是一个注释结果文件，其就在vcf的info信息新添加了anno一列信息，其具体每个值含义如下： Allele 突变之后的碱基，第一个突变位点由T碱基突变成了C碱基，对应Allel的值为C Annotation 由sequence ontology定义的突变类型 Annotation_Impact 对变异位点有害程度的简单评估，取值有HIGH, MODERATE, LOW, MODIFIER 4种，含义如下
| Impact | Meaning | Example |
|---|---|---|
| HIGH | The variant is assumed to have high (disruptive) impact in the protein, probably causing protein truncation, loss of function or triggering nonsense mediated decay. | stop_gained, frameshift_variant |
| MODERATE | A non-disruptive variant that might change protein effectiveness. | missense_variant, inframe_deletion |
| LOW | Assumed to be mostly harmless or unlikely to change protein behavior. | synonymous_variant |
| MODIFIER | Usually non-coding variants or variants affecting non-coding genes, where predictions are difficult or there is no evidence of impact. | exon_variant, downstream_gene_variant |
Snp下游的分析
可以使用snpEff注释的vcf进行4DTv位点分析，然后用其构建进化树。 或者是直接使用vcf构建进化树。 两种方法构建进化树均已经实现流程自动化。Vcf2Tree github