GWAS流程
1. 重新构建遗传图谱
2. 基因型插补——impute2
3. 质量控制
- QCTOOL V2 http://www.well.ox.ac.uk/~gav/qctool_v2/
./qctool -g GWAS.gen -snp-stats
- 数据转换 GTOOL
4. 连锁不平衡
--indep-pairwise 50 5 0.2 (windows, step, r2) –maf 0.05
-主成分分析
5. 群体结构
structure LocusZoom Standalone
6.构建本地的SQLite数据库
dbmeister.py --db my_database.db --snp_pos my_snp_pos_file
使用gff3ToGenePred转换Gff3到pred格式 gff3ToGenepred ucsc 目录