R SCI期刊作图常用包

ggplot2用于作图。https://www.jianshu.com/p/89e951275b9e
ggrepel用于给图中内容添加标签。https://www.jianshu.com/p/3b8d8620db3f ggrepel可以自动避免标签重叠，而且支持两种格式的标签，一种是只有文字形式，另一种是文字+文本框。
ggsci用于绘图配色ggsci配色
export用于出图。https://www.jianshu.com/p/9774f825fdb7
可视化调节的包RColorBrewer

install.packages("RColorBrewer")
library(RColorBrewer)
display.brewer.all()

调色板的各种颜色的名称和数量 color <- brewer.pal(n= 8,name ="BrBG") 将BrBG的前8种颜色的值，作为向量赋值给color. color此时的值是 "#8C510A" "#BF812D" "#DFC27D" "#F6E8C3" "#C7EAE5" "#80CDC1" "#35978F" "#01665E" 当一个模块的颜色数量不够时，可以使用多个颜色模块，合并成一个大的颜色向量。 6. 绘图颜色新的包paletteer，转载自mp.weixin.qq.com/s/HGXmatedoB16YasxMN0n0g

if(!require(paletteer))install.packages("paletteer")
if(!require(scico))install.packages('scico')
if(!require(nord))install.packages('nord')
library(paletteer)

#连续性配色
paletteer_c("scico::berlin", n = 10)
## <colors>
## #9EB0FFFF #5AA3DAFF #2D7597FF #194155FF #11181DFF #270C01FF #501802FF #8A3F2AFF #C37469FF #FFACACFF

#离散型配色
paletteer_d("RColorBrewer::Paired")
## <colors>
## #A6CEE3FF #1F78B4FF #B2DF8AFF #33A02CFF #FB9A99FF #E31A1CFF #FDBF6FFF #FF7F00FF #CAB2D6FF #6A3D9AFF #FFFF99FF #B15928FF

#动态配色(前面指定颜色，后面指定需要分成几种)
paletteer_dynamic("cartography::green.pal", 5) #最大是20
## <colors>
## #B8D9A9FF #8DBC80FF #5D9D52FF #287A22FF #17692CFF

paletteer_dynamic("ggthemes_solarized::blue",8) #最大是8
##<colors>
## #FCDACAFF #F9C2B3FF #F6AA9DFF #F49287FF #F17A71FF #EE5F58FF #EB3E3AFF #E81E1CFF #E30000FF #C00004FF #9E0008FF #7C000CF

#查看每种配色方式总共有多少种搭配方式
paletteer::palettes_c_names
paletteer::palettes_d
paletteer::palettes_dynamic_names
##或者是使用paletteer_dynamic()输入后，按Tab建选择。


paletteer_c("ggthemes::Green-Gold",n=15)
paletteer_d("RColorBrewer::RdYlBu",n=10)
paletteer_d("colorBlindness::Green2Magenta16Steps")

#在ggplot2种使用
library(ggplot2)
ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Species)) +
  geom_point() +
    scale_color_paletteer_d("ggthemes::Green_Orange_Teal")

ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Sepal.Width)) +
  geom_point() +
  scale_color_paletteer_c("grDevices::Green-Yellow")

library(pheatmap)
pheatmap::pheatmap(volcano,color = paletteer_c("scico::hawaii",n=100))

ggprism用于优化出图的坐标轴，背景主题，字体等。

R SCI期刊作图 常用包

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