上传测序数据到NCBI的SRA数据库

上传测序数据到SRA数据库。 参考链接1 aspera的使用 1.注册NCBI账户 2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/选择SRA. 3.新建提交。需要经过多个表格填写。（如果出现Waring,那就暂时不要管，等半天再进入该页面，继续提交。一定要按照要求填写） 4.选择aspera上传方式。

安装使用aspera 下载文件，解压，得到aspera.sh文件。

bash aspera.sh
##添加环境变量
vim ~/.bash_profile
export PATH=/home/chaim/.aspera/cli/bin:$PATH
export MANPATH=/home/chaim/.aspera/cli/share/man:$MANPATH

##根据自己的实际情况添加配置文件的路径
##重启终端
ascp -h #测试即可使用

从NCBI的SRA的第7步页面，获取你自己的aspera的公钥。文件名是aspera.openssh,下面-i参数后跟的是该公钥的绝对路径。 -d命令后跟的是你要上传的文件的绝对路径。 注意在命令最后添加上新的文件路径 我添加的是/sra_data,不跟路径会直接上传到根目录，根目录无法编辑。一定要在后面跟上自己命名的路径。 上传到NCBI的SRA的代码。

ascp -i <path to openssh/aspera.openssh> -QT -l 100m -k 1 -d <path to your sequence /*.fq> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/chaim$$$%#^$^%^a3/sra_data

我的服务器是经常掉线的，需要一致保持联网状态。

nohup ping www.hao123.com &

添加一个ping，保持网络连接。 5.返回NCBI的提交页面选择你的目录的文件夹，选中本次上传的数据。上传完成后需要等待一段时间（约10min），才可以看到上传的文件夹。 之后选中，按照要求提交即可。 之后会收到发送给你的邮件，提醒你已经成功提交。等待审核。审核结束后，便可以正式发布数据。会根据你填写的数据公布日期，正式面向公众公布数据。

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