AnnotationHub无法访问的问题

鉴于AnnotationHub这个R包无法访问,~原因网络无法访问~,使用本地缓存,从本地加载的方法也无法使用的情况下。因版本升级增加了版本号前面的随机码,所以无法手动从本地加载包。 之前可以FQ下载好Annotationhub的数据后,从本地加载。现在已经无法从本地加载。(这是所有物种的包)https://annotationhub.bioconductor.org/metadata/annotationhub.sqlite3 使用AnnotationDbi包从本地加载已有的物种包数据。(org.Zea_mays.eg.sqlite)

library(AnnotationDbi)
maize=AnnotationDbi::loadDb(file="C:/Users/Frank/AppData/Local/AnnotationHub/AnnotationHub/Cache/org.Zea_mays.eg.sqlite")
length(keys(maize))

此处的file后的路径就是本地存放对应物种信息的包org.Zea_mays.eg.sqlite 根据自己的物种信息下载对应的包。 AnnotationHub的使用 玉米的orgdb数据库下载地址 所有物种的orgdb数据库(输入对应的物种拉丁名,可以搜索相关物种的下载地址) NCBI的基因id转换文件下载地址(FTP地址直接复制,jianshu无法链接FTP地址) ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

参考 对应物种包的文件存放在Amazon S3服务器,所以访问速度很慢,15k/B。科学上网可以解决此问题。

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