My Blog
GO KEGG
正在初始化搜索引擎
GitHub
Info
CV
Tags
AI practice
BSA
English Write practice
GWAS
Linux learning
PC repair
R in action
RNA seq
Rust
Bio experience
Book list
Cancer
literature Reading
Machine learning
miRNA and LncRNA research
Nanopore analysis
Perl
Python learn
Single cell
Tools
Visualization
基因组学
My Blog
GitHub
Info
CV
Tags
AI practice
AI practice
1.安装jupyter
最终目标:开发出智能对话工具
机器学习pycare框架
BSA
BSA
2021 01 12
BSA,重测序完整篇
BSA分析生物学知识汇总
BSA分析:GATK4的使用(包括bwa)
BSR (RNA seq)数据进行BSR分析
IGV的使用
SIFT4G 预测氨基酸取代是否会影响蛋白质功能
VCF文件的可视化:VariantQC
Annovar 注释非模式生物的变异信息
eQTL分析
picard 处理HaplotypeCaller断点的问题 gatk提取指定染色体vcf文件
Pixy 计算种群内和种群间的核苷酸多样性工具
snpEFF的使用
不利变异分析工具汇总
安装使用QTL seqr
结构变异SV分析(WGS WES)和融合基因检测(RNA)
English Write practice
English Write practice
How to change one mind
How to ask question 提问的艺术
博士研究计划的写法
论文投稿选刊系统
GWAS
GWAS
GWAS分析
GWAS学习
GWAS流程
GWAS的工具:下载、安装、使用
rMVP 一个用于GWAS分析的R包
孟德尔随机化分析:用于分析基因和表型之间的相关性
Linux learning
Linux learning
Linux下批量获取文件夹的子文件的所有图片的文字
linux三剑客awk、grep、sed应用环境即常用命令
Linux常用命令使用说明
Ubuntu20 04安装LAMP和phpmyadmin
YAML语言
Githubs 镜像站点fastgit,提升访问速度
Github相关命令
Linux 碱基序列处理
Linux shell常用命令速查
Linux 非root用户之间传递文件
Linux下访问网站工具http和ftp,scp和ssh
Linux所有命令失效解决办法
Linux数据流处理技巧
Linux的隐藏进程的发现
Makedown基本语法
Qsub任务提交系统
Shell操作合并图片为pdf
Shell脚本的编写
Tree的安装使用
使用hugo搭建静态博客网站
单行命令工具datamash处理字符、数组
爪哥工具总结:seqkit和csvtk专业处理t csv,专业序列处理
程序报错解决办法合集
PC repair
PC repair
PDF OCR识别工具:OCRmyPDF解决图片类的pdf里的文本识别
win10 Win11系统休眠后无法唤醒显示器
必须知道的PC修理:win10卡顿解决方案
R in action
R in action
NCBI的数据访问(rentrez)
R SCI期刊作图 常用包
R 用ggprism优化ggplot2的图
Rmarkdown的使用
R作图后输出格式选择(export包)
R和Rstudio的环境依赖
R拼图包:patchwork和cowplot,magick
R数据合并join的分类合并过程可视化
R相关性分析
R解析fastp输出的json文件
R语言可视化:练习(地图、柱形图)REmap
R语言学习教程
R语言手册
R进阶:缺失值的处理、拟合关系
R:ggplot2画图种图形排序
R:快速绘制SCI直方图
R:数据处理常用包 tidyverse
centos7安装使用R的问题解决方案
Dplyr数据处理:图解版
Gggenes 绘制基因图
Ggplot2画出条形图(facet wrap)
pak解决你的R包的安装的困扰
优雅修改工作目录:here替代setwd
构建自己的R包 KEGG db
查找杂志的影响因子 R实现批量化
用TrackViewer包画棒棒糖图
自己构建R包
RNA seq
RNA seq
AnnotationHub无法访问的问题
GO KEGG
MeSH分析
RNA seq进行基因共表达分析(WGCNA)
Deseq2 and clusterprofiler
deseq2和clusterProfiler使用之小试牛刀
eQTL的分析 Matrix eQTL
上传测序数据到NCBI的SRA数据库
使用clusterProfiler分析其他软件注释的GO和KEGG
差异基因火山图:ggplot2+ggrepel
比较转录组分析工具:TO GCN
调控网络的构建 Cytoscape & string
转录组下游分析之GSEA
转录组从下机数据到GO、kegg、GSEA
转录组全新学习之总篇
转录组工具文献介绍
Rust
Rust
Rust的安装
Sublimetext4的安装、汉化、激活
Bio experience
Bio experience
RT PCR 实验方法技巧
RT qPCR结果的计算
SCI发文前必须了解的数据库
Bioman 在线生物学教学游戏网站
做生物必须要注意的Excel的坑
刘耀光团队新方法:扩增未知侧翼序列新方法
叶绿素含量测定
基因组组装:contig,scaffold ,Chromosome
核酸浓度测定:nanodrop和Qubit
植物研究常用的数据库总结
生信分析:常用文件数据库地址(GO,uniref)
群体遗传分析方法:LD,FST,eQTL
Book list
Book list
开源版权的选择
读书清单:生物序列分析 Biological Sequence Analysis
Cancer
Cancer
Somatic和germline突变
人类基因组的下载
人类:全基因组关联分析(GWAS)发现非编码变异位点的后续分析
癌症早期筛查
literature Reading
literature Reading
JIPB Combined genome‐wide association study and transcriptome analysis
Plant Cell :Integrated Genome Scale Analysis Identifies Novel Genes an
RNA sequencing ten years
文献推送工具推荐:文献鸟
植物表型CoverageTool
生物信息学管道工具综述:A review of bioinformatic pipeline frameworks
Machine learning
Machine learning
Autogluon 机器学习框架
Kaggle 机器学习竞技场
Pytorch 充分利用GPU的机器学习工具
使用you get命令行下载主流平台视频文件
吴恩达机器学习课程
视频处理命令行工具 ffmpeg和自动字幕生成工具
miRNA and LncRNA research
miRNA and LncRNA research
LncRNA的鉴定
Bowtie的安装:bowtie和bowtie2的差别
miRNA seq分析流程
miARmaSeq可用于miRNA,mRNA的联合分析
miRNA常用的套路
miRNA研究之常用数据库
miRNA靶基因预测:psRoBot
sORF的鉴定
Nanopore analysis
Nanopore analysis
Nanopore 分析常用软件目录
Nanopore 分析流程
结构变异vcf解析
Perl
Perl
Perl包的安装
使用perlbrew管理多个版本的perl
安装DB File错误解决方法
本地化ensembl rest服务器
非root安装autoconf和automake
Python learn
Python learn
Biopython 为生物信息而设计的python
MkDocs 基于python实现的静态站点搭建
Conda的安装使用
Pyecharts python数据可视化
Python pyensembl 基因组位置注释到基因组特征(基因,转录本,外显子)
实战1:两个文件两列内容匹配
实战2:爬虫爬取NCBI
实战3:练习可视化,函数,模块
爬虫练习2
第0 1课 python包的安装更新
第0 5课 Python的标准化代码风格
第0课 python从入门到放弃
第1课 Python学习资料收集整理
第2课 Python基础语法
第3课 python3 X 作用域和传参、函数
第4课 文件读写,数据I O
Single cell
Single cell
三代测序技术总结
单细胞学习1 Seurat V3 2版本官网10xGenomics教程
单细胞学习2:10xgenomics从头开始分析
单细胞测序 1 简述
Tools
Tools
2018年好用软件推荐
Endnote 毕业论文参考文献格式GBT 7714 2015的格式
Fastp 质控 +过滤数据
GTX zip 压缩任何文件
TOOL Dsuite 基因渗入分析工具
TOOLS Snakemake用于自动化任务投递,shell脚本的替代者
TOOLS sambamba用于替代samtools
TOOLS:LSF任务投递集群管理系统的使用
TOOLs slurm集群的使用
TOOLs 高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit
Tools CrossMap用于基因坐标转换
Tools MEGENA多尺度共表达网络分析
Tools aspera上传数据到SRA数据库
Tools bam文件质控工具
Tools bpipe 用于构建分析流程
Tools csvtk专业处理csv文件
Tools eggnog mapper全新的功能注释工具
Tools mathpix snipping用于识别函数公式
Tools seqkit快速多线程全平台fastq处理工具
Tools vcftools的使用
Tools xpdf命令行里玩转pdf,pdf转其他格式
工具1:linux自带的`pdfunite`
Tools 生物信息学管道工具分类
Tools 用于重测序分析 Fast and accurate genomic analyses using genome graphs
Tools 类似IDM的超级下载工具XDM和FDM
Bedtools bed,vcf,fasta之间的处理工具
Ping工具:用于检测站点的可访问情况
单细胞测序pipeline liger
懒人工具:在线GO,KEGG,同源基因查找
生物信息学研究数据库ExPASy:集大成于一体的综合在线工具
Visualization
Visualization
R Circos图通过circlize
R 可视化之网页构建shiny
R 韦恩图可视化
cite Zeng Jianming 全基因范围内的染色体reads覆盖图
手机视频文件m3u8格式解析
数据可视化过程可视化 R graph gallery
基因组学
基因组学
Funannotate:基因组注释、比较分析软件包
Hic的替代技术Omni C,用于染色体定相
Ka Ks和4DTv计算可视化
KaKs calculator计算Ka Ks
LTR RTs的鉴定,LAI值的计算
Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
SyRI:从全基因组组装中找到基因组重排和局部序列差异
circos的安装使用
ggtreeExtra进化树的圈图
Iq tree进化树的构建
使用WGD鉴定全基因组复制
判断二代测序数据产自哪种illumina测序平台
名词讲解:转座子(TE)、LTR、假基因
基因家族共线性分析
基因家族扩张或收缩(未完待续)
基因注释:eggnog mapper V2的使用
基因组基因复制的分类鉴定:DupGen finder
基因组注释
用snpEff产出的vcf提取4DTv位点,构建进化树
组装
遗传图谱的绘制
GO KEGG
基因注释,转换,GO,KEGG在线工具 https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost KOBAS新的KEGG注释数据库
回到页面顶部