核酸浓度测定：nanodrop和Qubit

核酸测定是家常便饭，但是测定的仪器不同，浓度差别很大。最近送样测序，自己的nanodrop测浓度非常高。但是Qubit测定后浓度特别低。 从原理分析两者： nanodrop是基于吸光值来计算核酸浓度，当核酸里面有污染时，浓度就会相差很大。 比如：我送的DNA里面有RNA污染，用nanodrop测序浓度是都是500ng/ul以上，但是使用 Qubit测定后，浓度低到10以下。 nanodrop对于低于20ng/ul的样品浓度测定非常不准确。 常见的切胶回收的浓度非常低，nanodrop测定的一般不可靠。 在样品里面核酸纯度比较高，且浓度相对较高时，nanodrop和Qubit的浓度差距不大。 使用试剂盒提取的核酸一般纯度较高。

nanodrop测定核酸时，根据溶解的液体pH值不同，A260/A280有所差异 。 当溶解在ddH2O中时，呈酸性，A260/A280值可能会低于1.8，在1.5-1.8，这也是正常情况。 使用pH=8的TE溶解时，A260/A280值可能偏大。 Qubit是基于 染料法，结合特异的核酸，只结合DNA或RNA,但是对温度敏感，需要标液。