单细胞测序，scRNA-seq目前大多数的分析工具是基于Bioconductor工具。故全文是以使用Bioconductor的工具为主要分析工具。 参考1 https://zhuanlan.zhihu.com/p/108919697 Bioconductor官方教程https://osca.bioconductor.org/(自备梯子) sanger实验室出的教程

1. bioconductor的数据流和数据类型 bioconductor主要的数据对象是S4格式。S4格式 使用SingleCellExperiment来存储元数据和单细胞测序数据。 单细胞测序必知必会 主要讲述单细胞的原理，同时收录一堆单细胞的分析超链接 单细胞分析软件合集https://github.com/seandavi/awesome-single-cell (市面上的单细胞分析软件基本都被收录了，百宝盒一样)

单细胞分析的三个常用包 monocle2 教程https://cloud.tencent.com/developer/article/1055888 scater教程https://cloud.tencent.com/developer/article/1055896

Seurat非常火爆的包

Seurat官网也提供了多个实例，同时还有一堆基于Seurat开发的包。可用于10xgenomics，scRNA-seq+scATAC-seq整合分析 https://satijalab.org/seurat/v3.2/atacseq_integration_vignette.html 生信技能树的seurat教程

2.目前主流的单细胞测序方式

主要有2种方式，10xgenomics 和smartseq2 10xgenomics的分析工具：cellranger 4.0+ Seurat 3.2 smartseq2的分析工具：