看2020年新发表的文章，把基因渐渗工具分为几类。 - 第一类基于种间群体基因频率变异分析 (Fst, LD, STRUCTURE, AFS, TreeMix)和 - 第二类基于种间DNA序列差异分析(ABBA-BABA, IM, IIM, ABC) 方法, 常用的分析基因渗入的工具有： MixMapper，TreeMix 和 TARGet ，shapiet(人类)，Dsuite Dsuite又称为ABBA BABA test。 Dsuite github教程 Dsuite 中文教程使用plink将vcf转换成treeMix可以使用的格式

1. Dsuite的安装参考地址

cd ~/software/Dsuite
git clone https://github.com/millanek/Dsuite.git
cd Dsuite
make

测试命令 ./Build/Dsuite 添加环境变量

echo 'export PATH=$HOME/software/Dsuite/Dsuite/Build:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
Dsuite #测试命令即可运行

2. 输入文件

call snp和indel的vcf文件，可以是压缩后的
群体/物种图(SETS.txt)，一个文本文件，每行代表一个个体，和其所属的物种/种群名称，如下所示。

测试文件下载

VCF file (此文件48M,使用XDM下载只要2min)

wget http://cichlid.gurdon.cam.ac.uk/Malinsky_et_al_2018_LakeMalawiCichlids_scaffold_0.vcf.gz wget下载太慢了。 ##### 群体文件sets.txt wget http://cichlid.gurdon.cam.ac.uk/sets.txt sets.txt的文件格式如下

Placidochromis_cf_longimanus_1  Placidochromis_cf_longimanus
Placidochromis_cf_longimanus_2  Placidochromis_cf_longimanus
Placidochromis_cf_longimanus_3  Placidochromis_cf_longimanus
Placidochromis_cf_longimanus_4  Placidochromis_cf_longimanus
Placidochromis_cf_longimanus_5  Placidochromis_cf_longimanus
Placidochromis_milomo   Placidochromis_milomo
Placidochromis_subocularis_1    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_2    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_3    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_4    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_5    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_6    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_7    Placidochromis_subocularis
Placidochromis_subocularis_8    Placidochromis_subocularis
Nbrichardi      Outgroup

群体文件sets.txt要求

左边是vcf里面对应的样本名称，右边是群体名称/品种名称（Population/species ），必须要有至少一行，右侧是Outgroup，如果vcf里面某个材料不想加入分析，右侧可使用xxx代替群体名称。

可选文件：

Newick格式的树。树应具有与物种/种群名称相对应的叶子标签。分支长度可以存在，但不使用。有效的例子： (Species2,(Species1,(Species3,Species4))); (Species2:6.0,(Species1:5.0,(Species3:3.0,Species4:4.0)));
Dinvestigate使用的test_trios.txt文件。每行一个三人口/种，由标签按顺序分隔P1 P2 P3： Species1 Species2 Species3 Species1 Species4 Species2 ... ... ...

3. 运行

使用测试文件

3.1 使用Dtrios

Dsuite Dtrios  Malinsky_et_al_2018_LakeMalawiCichlids_scaffold_0.vcf.gz sets.txt

生成文件

-rw-r--r-- 1 chaim bioinf 7.9M Sep 3 23:19 sets_BBAA.txt -rw-r--r-- 1 chaim bioinf 3.2G Sep 3 23:19 sets_combine_stderr.txt -rw-r--r-- 1 chaim bioinf 8.0M Sep 3 23:19 sets_combine.txt -rw-r--r-- 1 chaim bioinf 7.9M Sep 3 23:19 sets_Dmin.txt

3.2 使用Dinvestigate-对D显着升高的三重奏进行后续分析：在沿基因组的窗口中计算D，f_d和f_dM

（可选工具，需要有可选分组的文件）

Dsuite Dinvestigate [OPTIONS] Malinsky_et_al_2018_LakeMalawiCichlids_scaffold_0.vcf.gz  sets.txt test_trios.txt

3.3 Fbranch-一种启发式方法，旨在帮助解释许多相关的f4比率结果