Tools bam文件质控工具

目前用到的bam文件质控工具有三种：

• Picard https://broadinstitute.github.io/picard/
• RSeQC http://rseqc.sourceforge.net/
• Qualimap http://qualimap.bioinfo.cipf.es/ 三者中， RSeQC只能用于转录组的bam文件质控。依赖gcc、numpy,在python2.7下运行 Qualimap可用于重测序、CHIP、转录组的bam、sam文件质控。基于Java和R Picard可用于质控。基于Java。 目前的教程中，基于RSeQC和Qualimap的比较多。