基因注释:eggnog mapper V2的使用

官方文档地址:https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-mapper-v2.1.2-to-v2.1.4

conda install -c bioconda eggnog-mapper

也可以从github下载安装或使用pip install eggnog-mapper安装。 依赖环境如下:

Python 3.7 (or greater)
BioPython 1.76 (python package)
psutil 5.7.0 (python package)
xlsxwriter 1.4.3 (python package), only if using the --excel option (v2.1.4 only)
wget (linux command, required for downloading the eggNOG-mapper databases with download_eggnog_data.py, and to create new Diamond/MMseqs2 databases with create_dbs.py)
sqlite (>=3.8.2)

需要注意依赖的版本,有的必须是指定版本,所以用conda建个新的环境单独安装吧。 新建一个文件夹,存放eggnog-mapper-data.

mkdir ~/uniref/eggnog-mapper-data
echo "export EGGNOG_DATA_DIR=$HOME/uniref/eggnog-mapper-data" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
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