RNA seq进行基因共表达分析（WGCNA）
参考1 https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/
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- 六六的教程
- 技能树
- 生信宝典 WGCNA被用于基因共表达分析。 RNA WGCNA分析参考资料
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前期准备
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数据质控
- 使用STAR或者Hisat2比对，stringtie定量，输出标准化表达矩阵
- 准备样品的表型数据
- 构建表型矩阵
开始分析
- 安装WGCNA
```R rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
##设置bioconductor，安装WGCNA的依赖包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("AnnotationDbi","impute","GO.db","preprocessCore")) install.packages("WGCNA") library(WGCNA)
```
- 数据输入和处理，重新格式化数据。
文献
使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌