Bowtie的安装：bowtie和bowtie2的差别

说一下fastqc,是一个质控工具。不输入任何参数的情况下，默认会打开GUI模式。显然大部分人没有服务器的管理员权限，所以会出现下面的错误：

两者都是比对软件，两者不是简单的升级版的差别。 bowtie下载地址 bowtie2 bowtie适合35bp的短读长 bowtie2适合50bp-1000bp的短读

安装bowtie 下载-解压缩 在bowtie1.2目录有一个bowtie，直接在目录下./bowtie即可运行。作为懒人，不想每次都找软件安装地址，就添加环境变量吧。 我的环境变量一般添加在~/.bash_profile文件里。这个文件更改后，需要重启终端才能生效。如果你的服务器不存在这个文件，自己vim一个就可以啦。 添加下面这条， export PATH=/$HOME/disk/soft/bowtie:$PATH 保存，重启终端，运行bowtie就可以了。 注意：正常情况下解压后的目录是，bowtie-1.2,我更改为bowtie,修改环境变量时根据自己的具体文件夹目录设置。